C'est un débat sans fin mais comme je développe sur les deux environnements je me dois d'y participer un peu, d'apporter mon caillou au tas de gravats.
Je vais balayer d'un revers de main l'aspect performance : c'est pareil ou presque. Bon quand même on va dire que les Winform sous Windows ont un rendu certainement plus rapide et réactif que du Java swing ou autre. Pour le reste cela dépend beaucoup du développeur et on peut voir une programmation d'un algo en Java battre le même en C à cause de la mise en oeuvre : un mauvais développeur C/C++ fera pire qu'une mauvais développeur Java/C#.
Et on peut jouer avec cela : http://benchmarksgame.alioth.debian.org/
Donc grosso c'est pareil.
Attaquons d'un point de vue langage et syntaxe. Ce sont des syntaxes très proches, C# est fortement inspirées de Java et C et Java est elle-même inspirée de C. Mais plus en détail question langage, le C# est clairement meilleur, plus flexible et plus juste. Son secret, le C# n'est pas rétrocompatible ce qui lui a permis de briser certaines barrières et d'évoluer plus vite.
Ainsi les generics sont vraiment gérés au runtime ce qui n'est pas le cas de Java et dès qu'on s'attaque à faire de la réflexion on réalise que cela a de l'importance.
En suite le gros apport de C# c'est linq qui permet de réaliser des requêtes dans les structures de données les plus divers (SQL, XML, objets...).
Le foreach multi threads et quelques raccourcis pour faire un code utilisant plusieurs threads mais je crois que maintenant il y a un équivalent en Java.
De plus il y a une certaine flexibilité dans la gestion des fichiers de code source : une classe peut-être implémentée dans plusieurs fichiers, pratique pour le code généré, et la structure namespace-classe ne doit pas comme en Java être identique à celle répertoire-fichier (mais cela n'a pas que du bon).
Enfin à chaque nouvelles versions ils progressent et l'écart se réduit ou change de géométrie.
Ensuite l'environnement de développement, Visual Studio contre Eclipse, Intelij, Netbean... bon aujourd'hui ils sont tous très aboutis, mais le développement d'une application reste complexe, et il fini par y avoir pléthores de menus et sous menu et modules... bref c'est ainsi. Visual Studio intègre nativement plus de chose ce qu'il fait qu'il est plus simple d'approche. Il faut aussi noté qu'il y a dans l'ASP.NET et autre finalement pas mal de code généré par Visual Studio qui est masqué à l'utilisateur. Après pour avoir la couverture de code par les test dans Visual Studio faut s'attaquer à une licence qui vaut quelques milliers d'€...
En en arrive a la réalisation d'un projet Web par exemple, c'est quand même mieux intégré dans Visual Studio, on est tenu par la main. En Java il faut déjà faire beaucoup de choix, Java EE, Spring, JPA, JSF, JSP, GWT... tout ça décliné en version, cela demande un certain savoir faire sans compter que cela change régulièrement aujourd'hui on partirait plus sur Java EE REST, JPA + Angular (ce qui simplifie la donne ou déplace le problème vers le développement javascript). En ASP.NET y a moyen de chercher du Nhibernate, Castle, EntLib, Unity et autres mais étrangement c'est assez peu couru de méditer sur la stack ASP.NET.
Ce que fait la grande différence lors de la réalisation c'est la gestion des librairies tiers, d'un côté Maven (ou Gradle) pour Java et Nuget pour .net. Mais il faut dire que Maven a des années d'avance et une pratique assez généralisée aussi bien dans les projets tiers qu'au sein même de l'entreprise. Nuget commence a entrer dans les mœurs.
Un autre aspect qui fait la différence est l'écosystème, en Java il y a de grandes organisations qui gèrent de l'opensource (Apache, Redhat, Spring...) de gros éditeurs (Oracle, IBM...). Du coup c'est très riche on peut vite s'y perdre, mais il y a aussi Java EE pour normaliser et cadrer un peu tout cela. A contrario le monde .Net est plus fermé, il a quelques éditeurs spécialisés dans les composant d'interfaces et autres outils : Telerik, ComponentArt, ComponentOne. Les projets opensource en c# dans http://www.codeproject.com/ et http://codeplex.com ont rarement un gouvernance clair, les bonnes idées finissent absorbées par Microsoft sous une forme ou une autre, alors souvent le plus simple est de ne surtout rien faire et attendre la prochaine version du framework. Et inversement Microsoft y déverse les éléments qu'il ne souhaite plus maintenir (ex : Entlib, Unity).
Finalement la grande différence c'est le développeur. Le développeur .Net et le développeur Java sont très différents dans leurs approches et leurs travers. Mais cela mérite son propre post.
